제1단계 연구과제에서는 한·중·일 동북아 삼국의 근대화가 불교문화의 변용에 미친 영향을 비교의 시각에서 다루었고, 제2단계 연구과제에서는 동북아 외에 다른 아시아 지역의 다양한 불교문화를 탐구하여 아시아 불교문화의 다양성을 살피고, 이것을 통해 아시아불교의 정체성을 찾아보았다. 그리고 2011년 12월부터 시작하는 제3단계 연구과제에서는 아시아 각국의 불교문화 교류에 대한 연구와 함께 제1, 2 단계의 연구 성과를 바탕으로 한국 불교의 새로운 현대적 모색을 시도하고자 했다.

본 연구원은 2008년 11월 제1단계 연구과제 ‘동북아 삼국의 근대화와 불교문화의 변용 비교’를 수행 완료하고, 제2단계 연구과제 ‘아시아 불교문화의 다양성과 정체성’을 수행하던 중, 2011년 8월 불교학술원 산하 본 연구원이 주관하는 인문한국(HK)연구단이 한국연구재단의 인문한국(HK)지원사업 인문사회 분야에 선정됨에 따라 지금까지의 중점연구소 사업은 모두 인문한국(HK)사업에 통합 승계되었다. 당초 계획했던 중점연구소사업 제3단계 연구과제 ‘아시아 불교문화 교류와 한국불교의 현대적 모색’은 2011년 9월부터 시작한 인문한국(HK)연구단의 연구아젠다 ‘글로컬리티의 한국성: 불교학의 문화확장 담론’에서 함께 다루어질 예정이다. 앞으로 인문한국(HK)연구단은 약 6년 동안에 걸쳐 수행해 온 중점연구소의 연구성과를 토대로 하고, 제3단계 연구과제의 방향성을 계승하는 통합연구를 진행하여 보다 심화, 확대된 연구를 진행해 갈 것으로 기대한다.

본 중점연구소사업의 제2단계에서는 연구과제 ‘아시아 불교문화의 다양성과 정체성’을 수행하는 것과 함께 2009년 대학원 협동과정 ‘비교불교학 협동과정’을 개설, 운영하였다. 본 대학원과정은 한국연구재단의 중점연구소 지원사업의 일환으로 개설되어 아시아불교 전반에 걸친 다양한 교육강좌를 통해 불교 관련의 학술 연구, 언론, 문화 등의 다양한 전문기관 등에 종사할 수 있는 우수한 인재를 양성하고, 아시아 문화 속에서 불교의 위상과 그 가치를 높이고자 하였다. 교과과정은 ‘불교인문학’, ‘불교지역학’, ‘불교문화학’ 세 영역으로 구성되어 있다.

2011년 8월 불교학술원 산하 본 연구원이 주관하는 인문한국(HK)연구단이 한국연구재단의 인문한국(HK)지원사업 인문사회 분야에 선정됨에 따라 지금까지의 중점연구소 사업이 모두 인문한국(HK)연구사업에 통합 승계되면서 대학원 협동과정 ‘비교불교학협동과정’이 일반대학원 과정 ‘한국불교융합학과’로 확대 개편되었다. 한국학과 불교학이 융합된 한국불교융합학과는 불교학술원 소속의 일반대학원 석박사과정으로서 연구와 교육이 연계되어 있는 점이 특징이다.